10月6日，武汉三镇正式宣布里卡多-苏亚雷斯下课，邓卓翔再次掌管球队教练，这也是他第三次担任三镇教练。

2020年8月5日，邓卓翔自由从北京北体大转会到当时在中乙联赛的武汉三镇。效力期间，他随队在2020赛季获得中乙冠军，个人攻入2球；2021赛季获得中甲冠军，出场14次，首发4次，攻入1球，助攻2次；2022赛季获得中超冠军，出场13-16次，助攻2次。2023年4月，邓卓翔离队退役。

2024年1月，邓卓翔回到武汉三镇教练组担任助理教练。在2025赛季中超联赛的前五轮比赛中，球队在马丁斯的带领下取得了1平4负，排名垫底。2025年4月11日，邓卓翔作为主教练接手了一线队。2025赛季，他执教中超联赛25场比赛，战绩6胜6平13负，积24分，胜率24%，场均0.96分左右；再加上球队前五轮的1分，武汉三镇本赛季共得25分，在联赛中排名第13位，提前一轮保级。

2026年1月，邓卓翔转任武汉三镇俱乐部体育总监。同年5月8日，莫拉下课后，邓卓翔作为代理教练再次接手，执教了三场中超联赛，均战平：青岛西海岸1-1、辽宁铁人2-2、上海申花2-2。苏亚雷斯下课后，邓卓翔第三次接手武汉三镇，带领球队完成了剩下的四轮中超联赛。

9月18日补赛客场1-4负于浙江队后，三镇积21分，排名第15，落后保级区4分，仅4轮。